Bei der ersten Gemeindestunde im Jahre 1949 bestand die Gemeinde aus 14 Mitgliedern, die schon vor dem Krieg zu einer Pfingstgemeinde gehörten. Der erste Leiter der Gemeinde hieß Friedrich Heise. Anfangs versammelte sich die Gemeinde privat, später in der Aula der Franke-Schule (Schildstraße). Schon hier beteten die Geschwister für eigene Räumlichkeiten.

Im Mai 1952 wanderte Bruder Heise nach Amerika aus und Bernhard Schulz wurde Leiter der Gemeinde.

Im Mai 1954 kam Pastor Georg Sohl nach Lübeck und leitete die Gemeinde bis zum 31. August 1955.

Damals war Lübeck noch Stationsgemeinde von der FCG Hamburg, Sommerhuder Straße (jetzt Arche-Gemeinde Doerriesweg) betreut. Oskar Jeske war seinerzeit Pastor in Hamburg.

Im Juli 1955 kam dann Pastor Walter Zimmermann von der Hauptgemeinde in Hamburg zur Stationsgemeinde nach Lübeck. Die Gemeinde wuchs und konnte zu Beginn des Jahres 1956 in der Fleischhauerstraße einen Saal im ersten Stock eines Möbelgeschäftes anmieten. In der Folgezeit erlebte die Gemeinde die Gnadenwirkungen Gottes. Menschen wurden gerettet, geheilt und mit dem Heiligen Geist erfüllt.

1961 wurde Pastor Zimmermann in eine andere Gemeindearbeit geführt. Danach kam Pastor Kurt Lukas nach Lübeck und begann seinen Dienst mit einer Zeltevangelisation in Sereetz.

1962 kaufte die Gemeinde ein Haus am Moltkeplatz und konnte endlich in ihr eigenes Gemeindehaus ziehen. Kurt Lukas stand der Gemeinde bis 1973 vor. Dann folgte er dem Ruf des Theologischen Seminars in Erzhausen, um dort als Lehrer seinen Dienst wahrzunehmen.

Bereits 1965 kam Pastor Ernst Mund als Bibelschulpraktikant nach Lübeck. Er diente der Gemeinde nicht nur mit dem Worte Gottes, sondern auch mit seinen geschickten Händen. Es entstand ein Jugendraum im Keller, sowie Verbesserungen der Räumlichkeiten für die Kinderarbeit. Am 23. November 1968 wurde er hier ordiniert. Nach dem Weggang von Pastor Kurt Lukas wurde ihm die Leitung der Gemeinde anvertraut. Nach 10 Hirtenjahren in Lübeck übernahm er 1978 die Leitung einer anderen Gemeinde.

Bei der Mitgliederversammlung am 29.1.1978 wurden Otto Hoffmann und Gerhard Kolberg in den Gemeindevorstand gewählt (im Februar 1997 kam Andreas Petersen dazu).

Bruder Horst Pohl kam 1967 nach einjährigem Bibelschulaufenthalt wieder nach Lübeck. Er wurde 1972 ordiniert und verließ 1973 die Gemeinde, um als Pastor in einer anderen Stadt zu arbeiten.

Bruder Otto Schulz war auch zu der Zeit in Lübeck. Er hat auch in den Außenstationen mit dem Wort gedient.

Am 5. März 1978 trat Pastor Wilfried Korfe seinen Dienst in der Lübecker Gemeinde an. Wilfried Korfe setzte sich besonders in der Jugendarbeit ein. Auch seine praktischen Begabungen kamen der Gemeinde zugute.

Das 30-jährige Bestehen feierte man 1979 mit einer ganzen Jubiläumswoche.

Am 8. August 1984 übernahm Pastor Hermann Richert die Gemeinde. Aus dieser Zeit resultierten viele Neuanfänge. Pastor Richert übernahm die Gemeinde bewusst nur für eine Übergangszeit.

Am 1. April 1987 begann Jürgen Zwick seinen Dienst als Gemeindepastor.

Das Haus am Moltkeplatz wurde inzwischen zu eng und so zog man im Februar 1991 in das Gebäude in der Artlenburger Straße 21. Im Jahr 1992 gibt sich die Freie Christengemeinde Lübeck zusätzlich den Namen „Agape-Gemeinde“.

Am Gemeindehaus waren viele Bauarbeiten nötig. Die Vorarbeiten zum Bau eines neuen Gemeindezentrums begannen Ende 1997. In der Zwischenzeit bis zur Fertigstellung des neuen Gemeindezentrums wurde der Gemeinde für die Sonntagsgottesdienste das „Haus für alle“ in Moisling zur Verfügung gestellt.

Am 7. März 2004 wurde der erste Gottesdienst im neu errichteten Gemeindezentrum im Händelweg 9 gefeiert.

2008 bekam Jürgen Zwick einen Ruf nach Wuppertal. Die Gemeinde wurde daraufhin von den Ältesten geleitet. In den Jahren 2014 bis 2018 diente Sebastian Kressin als Pastor. Seit Ende 2018 wird die Gemeinde wieder von den Ältesten geleitet.